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按作用机理分两大类：一类是微生物菌施入土壤后在土壤环境中大量繁殖成为作物根区优势菌株增加土壤矿物养分的分解释放，提高土壤养分的供应能力。另一类是微生物施入土壤后通过微生物区系的变化或分泌物的影响改变作物根区环境，促进作物根系发育提高作物利用吸收养分能力。
