1999-2014年期间，由中国地质调查局，会同省级人民政府及其国土资源主管部门，协调全国77家单位10万多人对全国耕地质量状况进行了全面调查。调查土地总面积150.7万平方公里，其中调查耕地13.86亿亩，占全国耕地总面积的68%。通过对60多万件土、水、生物等样品的54种元素指标进行精度测试，获得了3000多万个数据，建立了全国和31省(区、市)土地的地球化学动态数据库，并据此对我国耕地总体状况形成了初步认识和基本判断。

调查显示，我国东北区、闽粤琼区、西北区和青藏区部分耕地有机碳含量相比20世纪80年代呈现明显下降趋势，其中东北区耕地有机碳含量下降了21.9%，严重降低了土壤肥力。调查耕地范围内有29.3%的土壤碱化趋势加剧，pH值上升了0.64，主要分布在北方地区;21.6%的耕地酸化严重，pH值降低了0.85，主要分布在重金属污染问题突出的闽粤琼区和湘鄂皖赣区，在降低耕地质量的同时增加了重金属污染，加大了耕地生态和地下水质量恶化风险。耕地酸碱度降低，土壤板结，肥力下降，不利于作a物吸收养分。同时，长期化学物质投入过大，对土壤有机质的形成是不利的。

尽管我国部分地区采取了秸秆还田做法，耕地有机质下降的趋势有所减缓，但相对于健康的土壤，有机质含量还是非常低的。除了大量使用化肥和农药，焚烧秸秆、污水灌溉、农膜覆盖、用除草剂除草，造成有机质下降、土壤动物和微生物多样性降低。

健康的土壤中有机质含量。土壤有机质的含量在不同土壤中差异很大，含量高的可达20%或30%以上(如泥炭土，某些肥沃的森林土壤等)，含量低的不足1%或0.5%(如荒漠土和风沙土等)。

在土壤学中，一般把耕作层中含有机质20%以上的土壤称为有机质土壤，含有机质在20%以下的土壤称为矿质土壤。在健康的土壤中，耕作层土壤有机质含量通常在5%以上。